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Em meio a tudo isso, vários sérios conflitos estão ocorrendo ao redor do mundo e, ao que parece, todos eles estão sendo causados por uma só organização terrorista. Esta, por sua vez, possui uma tecnologia capaz de contra-atacar a ECS (Sistema Eletrônico de Camuflagem), utilizada pelos AS (Arm Slave) da Mithril. Por isso, os superiores do submarino Tuatha de Danaan não pretendem ficar parados e seguem para tentar entender o que está acontecendo... e, claro, Sagara vai junto.

Esta organização, conhecida como Amalgam, também possui o conhecimento acerca da "Tecnologia Negra", obtida dos "Whispereds", como Kaname Chidori, e, como outras agências de inteligência, eles pretendem obter mais conhecimento acerca dessa "Tecnologia Negra". Agora, resta saber qual o segredo por traz dessa organização secreta, por que almejam se apoderar dos conhecimentos de Chidori mesmo já detendo grandes conhecimentos da "Tecnologia Negra" e como Sagara solucionará esse novo caso, estando tão longe da pessoa de que tanto gosta.